故事以多个独立单元的小故事为主，内容全是围绕幼稚园学生的生活。跟小丸子、四叶妹妹、蜡笔小新、萌少女的恋爱时光等作品相比，花丸幼稚园完全回避了较为成人及现实的思想，完全以小朋友最天真纯朴的角度去看世界。任何带点“颜色”的场面，都不会在此作品出现。