这是受到来自于天空的飞龙袭击，人类暴露在威胁之中的现代。 人类驱使以魔术所创造出来的蛇之灵体《利维坦》，每日持续不断地进行抗战。身为‘蛇’之契约者，讨伐龙的救世之战乙女——《魔女》。从事于与她们订下契约的工作为生的少年春贺晴臣受到其青梅竹马，作为欧洲屈指可数的魔女爱莎的邀请（被强行地）而久违地再次回到‘东京新都’，与有着如妖精般的容貌的少女一起生活，并在转学到的高校为确保据点而四处奔波，但突然却遭遇到了上位种之龙‘苏斯’的袭击——！？